第二次宇宙混战结束后，黑暗帝国成为了宇宙中最强大的黑暗力量。而僵尸集团和宇宙海盗集团被严重削弱。黑暗君主在授勋仪式上颁给陈子轩黑暗帝国首席将军的勋章，其他有功人等都得到了奖励。黑暗君主还派陈子轩去僵尸集团和海盗集团去看看两个集团的动向。陈子轩授予僵王博士为僵尸国王，海盗老大为海盗帝国的皇帝。
陈子轩为了铲除自己独揽大权的障碍。于是他用阴谋的手段将咒冥帝赶尽杀绝获得了天罡三十六星以及强大的黑暗力量。陈子轩手里还握着赵国大片江山、在地球上陈子轩的帝国拥有强大的陆海空军。他用血腥的手段从各星球掠夺了大量的金银珠宝并控制了许多黑暗的王者。他利用树之灵黑化了神域四天王并命令他们攻占雅丹星云洞。他还迫使黑暗君主承认将军独裁帝国。为此他击败了其他几个比较强大的将军，开创了黑暗幕府设置在自己的基地里。
陈子轩在掌握大权后，他担心人们会报复自己于是在各星球（地球除外）掀起了多轮屠杀和收买亲近自己的人建立亲赵政权，稳定了自己统治根基后，他开始着手扩军强军为侵略其他星球做准备。陈子轩派狼狈组合和玄冥二怪（玄冥二怪为神兽金刚1的）去个各大星球去打听和勘探能源情况。
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