赛尔号在拿到水能石后，继续前行。不过在他们前往下一个星球时候，宇宙海盗集团派出大队飞船进攻赛尔号。在赛小息等人的艰苦作战下打败了宇宙海盗的进攻。他们从一个海盗尸体上找到了一块芯片。
“报告罗杰船长，赛小息小队回来报告。这是我们从海盗身上拿来的一块芯片。”“哦，肖恩博士。你来试试解开。”肖恩博士于是运用自己的解密技术，“这是......”大家都凑了上来。“我们即将进入九重天的领域。”“肖恩博士，什么是九重天？”赛小息好奇地问道。“我知道，这九重天里面有九个强大的守护神：青龙，麒麟，雄狮，凤凰，鲲鹏，独角兽等。只要我们拿到九重天就能进入宇宙之眼了。”“是吗？太好了。”于是赛尔号就根据卡璐璐的航线图继续前行。
宇宙海盗那边，海盗老大得知赛尔号即将进入九重天。于是他赦免了吉约和煞德罗。派他们和迪恩一起去九重天阻止赛尔号。同时派法尔多斯和卡罗尔两个人去建立天锥来吸收各大星球的人类。宇宙海盗的部队分头出动。迪恩将军利用索伦森的黑暗基因黑化了青龙，麒麟两大守护神。宇宙海盗部队兵分两路大军来到九重天，迪恩建立了海盗基地，吉约率领麾下的部队也来到九重天，两个人建立了海盗基地。
未知的航线，宇宙海盗的阴谋，赛尔号能否冲破九重天，到达宇宙之眼。
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