当约翰醒来的时候，发现自己正处在一个密闭的实验室里，而自己正躺在一个试验台上。此时周围静悄悄的，没有一个人，其余的同伴也不知道都跑到哪里去了。
“嘿！有人吗？”
约翰喊了一声，半天依旧没人回应。
“这到底是发生什么事情了？”
约翰心里想着，脑奶昏昏沉沉的，脑子里一片混乱，之前好像是被打了麻醉剂，而医生则准备给自己做手术。但很显然，好像是发生了什么意外。结果手术没做成，人全跑了。约翰自己琢磨着，觉得很可能是这个原因。他出了实验室的大门，顺着走廊过道一边走，一边回想着之前发生的事，当他想到莎拉的时候，发现走廊里躺着几具尸体，死状恐怖。这些尸体有医生的，也有军人的。很显然这里此前发生了惨烈的战斗。之后他发现，几乎每层楼都能发现人的尸体。而且很多尸体有腐烂或者被撕咬的痕迹。
约翰一边走着，一边观察着周围的地理情况，现在他有点清醒过来了，他还在五号军事基地内部。
“该死！让他给逃了！”
“那就快点把他给抓回来！宁愿击毙，也不能让他给逃了！只有他身上拥有抗体！明白了吗！？”
“明白！”
两个巡逻兵嘴上说着话，正巧被附近的约翰-威廉姆斯给听到了。很显然这是在说自己。此时约翰也补不了那么多了，闪身就跑。听到附近有动静，几个全部武装带着防毒面具的士兵迅速赶来了，但并没发现约翰的身影。之后在逃跑的过程中，约翰趁着敌人不备，不动声息地徒手结果了一个巡逻兵，然后在洗手间里以最快的速度换上了对方的衣服和装备。等伪装好了，这才大摇大摆地从里面出来。
随后在沿途中，没有人认出他是约翰-威廉姆斯上尉。不久后，他顺利的来到了地面一楼大厅，过了前面的一道安检门，在出去就是大门了。谁知道，当他走过安检门的时候，警报响起了。很快，附近数十个特战队员全把目光投向了他自己。
“士兵，站住！拿下你的头盔。”带队的人喊道。
这还了得？约翰当时就慌了神，现在他的身份是藏不住了。无奈之下只能咬牙硬拼了。虽然自己身手了得，有超人之力，但对方身手众多，手里全都拿着家伙，加上安检门附近的地形不利，因此就吃了大亏。在交战当中，约翰被对方被集火，中枪倒下了。
“队长，他好像死了。”
“管他死活。先把他抬回去，找人看紧点！不要再出什么差错了！”
“是！”
“等下。这个人还有几个同伴，现在何处？”
“回少校，那几个男的已经被关起来了，并打了昏睡针。那女人还在2号实验室。几名医生也还在，附近还有我们的士兵看守。如果顺利的话，手术已经开始了，她的记忆很快就会被完全清楚。”
“很好，去吧。”
“是！”
“其他人员听着！那个怪人一定还在地下室里。上面我们搜遍了整个楼层，守了半天都没见他出来。大家找仔细点！谁能抓住或者击毙他，官阶连升三级！”
“是！”
就这样，队长吩咐完了，大家不敢怠慢，马上展开行动。有专门把守道口的，有巡逻的，有搜捕的，有探路的，所有人都各司其职。最后，当大家听到异响赶到基因胚胎孵化室的时候，蓝肤卷发的怪人正在与一批克隆人进行心灵沟通。此时，这里的第二批克隆人已经全部苏醒过来，足有两千人（被怪人唤醒，第一批已经去支援加州前线）。
见此情形，众人大惊。还没等开火，莱恩将军拿着枪，怒冲冲地带一队人也赶过来了。
“混蛋！你坏了老子的计划！本来可以利用那些尸毒加上约翰的坑体血清，融合在一起就可以制造出无数个像约翰-威廉姆斯那样的超级战士。现在全毁了！可恶的东西！”
莱恩将军说着话，早已是怒不可遏，随即拿枪冲怪人射击。谁知怪人身手异常敏捷，不但躲过攻击，闪身一扑，附近有士兵猝不及防，当场被扑倒，而且被怪人狠咬了一口。随之，这些毫无意识如同僵尸般的克隆人也开始反扑，攻击附近的士兵。这还了得？双方当即就展开了一番激战，场面乱成了一锅粥。
“少校！这里恐怕就要收不住了，他们人数太多！你赶快带一个排的兵力保护总统他们离开这里！”
“去哪里！？”
“前往夏威夷基地！那里是我们最后的军事防线了！”
“是！”
不知怎的，这些没有意识的克隆人，居然全都听蓝肤怪人的话，完全听他的作战指挥。而且不知何时，已经学会使用人类的武器了。这让莱恩这些人怎么也想不明白。莱恩将军一边打着一边退着，一边还喊着话。他现在很清楚，现在不想办法突围出去，一会对方的人越来越多，就要把所有的出入口给堵死了。
“他们的人太多了！大家赶快撤离！不要再恋战了！”
“是！”
接到命令，战士们一边打一边退，一边掩护着莱恩将军。虽然最终突围出去了，但由于对方数量是在太多，莱恩将军一时躲闪不及，还是被一个活跳尸（被怪人咬到要害之后，很快就会发生病变，变成活跳尸，即毫无人性、嗜血如命的僵尸）咬到了。此时莱恩害怕极了，冲手下的士兵大喊道：“我很快就要病变了，快带我去1号实验室！我需要约翰的血清！”
“是！”
士兵一边撤退，一边给莱恩在前面开路，希望能让他快点赶到实验室。一旦他不行了，大家都得跟着一起倒霉。
此时在1号实验室里，约翰正躺在手术台上一动不动。几位军医已经帮他从身体里取出了最后一颗子弹。
“身上都开被打成筛子了，想不到他还活着。”
“他的命真是够大的。”
“看，他的伤口正在慢慢地自己愈合。”
“真是难以置信。”
几个军医正在谈论着，此时门外一阵骚乱。还没弄清楚是怎么回事，莱恩将军带着几名士兵冲进来了。莱恩的身体此时已经开始发生病变，而此时旁边有两名士兵也受伤了，看上去不容乐观。
“快！我们需要约翰的血清！”
“将军稍等！刚提取的血清在这里！”
有名军医大声回着话，转身跑去拿血清了。而此时，昏迷中约翰-威廉姆斯已经慢慢苏醒过来了。而就在军医为莱恩注射血清的时候，约翰-威廉姆斯忽然间一跃而起就冲了过来。大喊道：“恐怕你没那个机会了！”
众人见此大惊失色，还没反应过来，约翰一记重拳就打在了莱恩的心口上。他的身体被当场打穿，心脏也被打碎了。就这样，莱恩将军惨死当场。这下可把几名军医给吓傻了，浑身颤抖，杵在了原地。而此时，几个活跳尸也闯了进来，随行的还有红皮肤的怪人和一些没意识的二代克隆人。
见此情形，约翰二话不说抄起手边两把手术刀就大开杀戒起来。一时间实验室里残肢横飞，鲜血直流，景象真是惨不忍睹。
“你们还不快走！”
愣了半天之后，等约翰喊的时候，四名军医这才回过神来，趁机逃走。与此同时，2号实验室这边，几名军医刚给莎拉做完记忆清除手术。而此前的温哥华上尉则被单独关押在附近的一个特制铁牢里，听到周围的异响，现在已经苏醒过来了。但此时他想要出去可就犯难了。别说双手还被手铐给铐着，即便没有，也难以脱身。除非他身子能缩小，从阑珊缝隙中钻过去。想来的第一时间他想到了A1组的其他成员，想到了莎拉。不知何时，一个活跳尸过来了。
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