朱由检率先视察了国级科研项目实验室，新兴粮食作物的种植方法及技术推广项目，对现在的大明来讲就是一支特效药，“国以民为本，民以食为天”在任何社会阶段，粮食富足都是一个国家稳定的基础。
玉米、马铃薯、番薯都是高产粮食作物，玉米亩产可达六百斤以上，马铃薯和番薯亩产在两千斤以上，如果推广成功，大明的粮食产量就会几何式的增长，甚至有可能令整个大明突破温饱线，不再为粮食问题发愁。
更重要的是对土壤的要求极低，可以在黄土高原等地区沙质土壤种植，可以大面积在西北地区得到推广，而只要提高了西北地区的粮食产量，那么将极大缓解当前被激化的土地矛盾，只要百姓能吃饱，那么遍地烽火就会迅速扑灭，迅速平定西北地区的农民起义。
朱由检来自后世他太明白中国这片土地上，广大老百姓的朴素诉求——能吃饱饭，中国这片土地上可爱的普通百姓具有强大忍耐力和凝聚力，他们愿意为这个国家和民族抛头颅洒热血，他们中的绝大多数终生的诉求只是能吃饱饭，就是这么简单的诉求。
在中国这片土地上，谁能让老百姓吃饱饭，老百姓就会支持谁，就会跟谁走，不要觉得这是没有骨气没有气节，让你饿得快死的时候，你绝不会高高在上空喊仁义道德的口号。
朱由检来时，研究已经开始了，徐光启、宋应星和汤若望等等，正在精心地选种了，说是科研，实际上早在嘉靖年间，随着和西方的贸易以及传教士的传教活动，源自美洲的高产粮食作物已经被引入了大明，不过因为各种原因未能在全国范围内大面积推广。
但是为了以防万一，避免环境等问题造成推广失败，朱由检令汤若望等人从各国传教士那里搜集了大量的玉米种子和马铃薯红薯的根茎，明确要求对作物的生长进行科学研究，先完成实验室培育，然后进行皇庄试验田试验，最后再一步步推广。
随后朱由检又视察了崇祯历法工作，朱由检其实并不热心于一年到底是多少天这种无聊的争论，这也不是历法的目的，历法通过对地球自转公转的观察和季节的阶段性变化，预测时令季节变化，用以指导农业生产的。
当然更重要的是朱由检寄希望于历法研究能帮大明孕育出早期的天文学和早期的物理学，所以在历法问题上大力听取外臣咨询小组的意见，引进西方最新观点包括西方的“日心说”和“地圆说”，当然为了维护统治，朱由检保留和运用中国传统阴阳五行学说，对这些学说进行了一定的注解改造。
蒸汽机的研究也是朱由检较为重视的，尽管他并不能直接解决大明现阶段的土地矛盾等问题，但是蒸汽机标志着大机器工厂化生产的出现，这意味着人类历史终于开始逐渐摆脱繁重的体力劳动和对动物类生物能依赖。
对此朱由检抛出了李约瑟的经典论断“蒸汽机等于水排加风箱”，直接点名要求用水排和风箱，借助大自然的水力和风力，催使大自然的伟力为人所用，朱由检甚至指明木炭之力不足推动可使用煤炭和石油。
最后朱由检视察了燧发枪，之所以朱由检着急研究燧发枪，很大程度上是因为辽东局势的问题，传统的三眼火铳无法打穿八旗兵普遍装备的棉甲，大家不要小看棉甲，铁甲内衬厚棉，可以卸掉火枪弹丸的冲击力，即便是冲击力最强的鸟铳也只能对八旗造成轻伤。
而传统的火绳枪已经发展到头了，快要被时代淘汰了，即便是强大冲击力的鸟铳也有射速过慢的弊端，完全无法和八旗骑兵打野战，火炮可以大面积杀伤，但是过于笨重只能守城。
所以朱由检决定提前开始燧发枪的研究，事实上这不没有***，西方世界已经出现了燧发枪雏形，而在崇祯八年刊印的由毕懋康编撰的《军器图说》表明至少大明崇祯年间已经可以研发制造适合大明战争的燧发枪了。
大明皇家科学院的那种科研的热情氛围，令朱由检一时意气风发，朱由检不由热血沸腾，顺势公布了即位以来第一部条例——《主大明皇家科学院科学技术研究条例》，其核心思想和主要内容如下：
一、大明将大力支持科研创新，提高科研经费投入，调动科研积极性，加强科研活动的管理和保障，培养一大批高水平科研人才，完成一大批高水平科研成果，推动一大批科研应用；
二、健全科研人才、科研成果和科研应用评估体系，完善优秀科研人才的晋升体系、优秀科研项目的经费分配体系、优秀科研成果的奖励体系；
三、正式确定了大明皇家科学院的人员结构和管理体系，建立大明皇家科学院科研委员会，实行民主集中下的首长负责制，为大明皇家科学院分配了科研和教育两项任务；
四、所有科研人员组成科研小组，统一科研职务为院长、组长、组员、学员四级，院长由朱由检担任，组长同正二品俸禄，组员同正三品俸禄，学员同从五品俸禄，学员由大明皇家科学院大学选拔，每年六月和十二月两次，选拔科目为笔试和面试两部分；
五、教育职务分为教授、副教授、讲师、助教四级，根据课程分配，进行教育津贴，而学子等级分为学士、硕士、博士，学制分别为六月、一年和三年，由学士选拔优秀者为硕士，硕士以上可跟随教授参与科研，并且可以参加学员选拔，博士未能通过学员选拔者可入朝为官，按序补缺；
六、保护知识产权，包括著作权、专利权、发现发明权，保护期为十年，所有科研成果归大明皇家科学院与科研人员共同享有，不同科研负责部分需要著名具体科研小组和负责人员，科研应用于盈利时须科学院授权使用，并且须向科研人员支付一定的使用费；
七、规定了科研人员奖励机制，科研项目经皇帝批准完成后将进行对科研人员的奖励，集体奖励为该项目经费十取一，并且考虑全体科研人员朝廷官职的升迁，做出突出贡献的个人奖励为其半年科研俸禄；
八、规定了大明皇家科学院实验安全守则，不得在实验室内进行违规操作，不得私自携带危险物品进入实验室，不得在实验室内大剂量进行燃爆物实验，实验室必须配备灭火设备；
九、成立大明皇家科学院图书馆，搜集大明国内的所有优秀的科研类书籍，形成大明最大的科研类图书馆；
十、尊重大明皇家科学院内所有科研人员和学子的个人选择，任何科研人员和学子随时向皇帝可以申请退出科学院，经由皇帝批准即可退出。
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