曹操的一系列安民之举，虽然赢来了百姓的喝彩和威名，却得罪了从中谋取利益的宦官和地方豪强。曹操心知这些人早晚还是会找机会报复他，他又不愿意违背自己的意愿去迎合这些人，又考虑到多次触犯权贵，再这样下去，自己的全家恐怕也要受连累。为了避免这些人的打击报复，惹来不必要的灾祸，他辞去了济南国相的职务，申请回到宫中值宿，担任警卫，其实是想要赋闲。朝廷再次任命他为议郎，而曹操虽然表面上接受了这样的安排，却经常以生病为由不去上朝。
中平元年（公元184年），被剥削和压榨的底层农民终于爆发了。首领张角利用“太平道”这一宗教组织形式，在传道治病的掩护下，进行了十多年的准备工作，信徒多达几十万人。他们打着“苍天已死，黄天当立，岁在甲子，天下大吉”的口号，举行起义。
乱世造就英雄，迅速发展的时势为曹操提供了良好的契机。当关东州郡起兵讨伐董卓时，双方带兵在荥阳和河内一带胶着，战争艰苦，无暇顾及劳苦人民的反抗斗争。就这样，青州、冀州一带出现了百万之众的青州黄巾军和河北黑山军，借着关东州郡与董卓胶着之际顺势而起。
前面说到，东汉末年，时局动荡，政治腐败，宦官专制，社会危机日益加剧，阶级矛盾尖锐，可以说，这是一个异常动荡的年代，也是一个造就英雄的时代。乱世更能显示出能人的天赋异禀，而曹操就是在这样的局势下脱颖而出的。而在这一局势下，脱颖而出的英雄豪杰层出不穷，以黄巾军和黑山军为代表的农民起义军也成了当时的一股新势力，影响着整个局势的变动。
东汉末年的政权，实际上是西汉地主政权的延续和发展，豪强地主在政治上、经济上还是享有特权的，地主豪强势力一步一步发展，土地兼并加剧。而在地主阶级，豪强贵族的残酷压迫和剥削下，广大农民百姓过着牛马不如的生活。
外戚和宦官的势力更是不可小觑，这两个集团为了争夺控制中央的权力，互相排挤、残杀，使得朝廷处处是险境。前面也提到了，无论是外戚还是宦官，只要一旦得势，就会狠命地剥削和压榨人民，使人民遭受更为深重的灾难。
黑山军与黄巾军都属于农民起义军，黄巾军是一支以今河北、山西、河南三省交界处的太行山区为根据地的起义军，黑山即在今河南浚县西北的太行山脉中。最开始统领黑山的领导人叫张牛角，张牛角战死之后，褚燕继任，改名张燕。这个人勇猛彪悍，捷速过人，人称“飞燕”。张燕有很强的组织能力和超凡的领导能力，起义军在他的带领下，很快就成为了一支不容小觑的力量。
到了中平二年（公元185年），朝廷任命曹操为东郡太守。虽然朝廷对曹操付以重任，但是曹操心里很清楚，如果现在出任东郡太守，很有可能被权贵打击报复。于是，为了避开权贵的打击，也是为了等待更好的时机，他决定用以退为进的方式，避开这样的安排。他上书以自己身体不佳为由，辞掉了这次任命，回到了故乡谯县。
朝中很多人都不能理解曹操的这一反常做法，明明是三十出头的青年，风华正茂，仕途也算顺利，应该正是大展宏图的时候，却辞官不做了，实在是不可理解。可是，谁也不知道，这次的决定是曹操深思熟虑过的。
在曹操的家乡谯县，有一个谯陵寺，是曹操远离政治风云的那段日子所居住的。他想过一阵平静的生活，回到家乡之后，就在这里居住下来，盖了一座幽雅的书屋，春夏习读书传，秋冬射猎健身，文武并进，积蓄力量，等候时机东山再起。
但是，他不问政治，不代表两耳不闻窗外事，其实他时刻关注着政事的变化。不过，这样的日子并没有维持多久，因为局势动荡的需要，他还是被征召出山了。
中平三年（公元186年）冬，韩遂杀边章等人，率领军兵十余万，进军陇西围攻官军。太守李相如反了朝廷，与韩遂联合，共同杀了凉州刺史耿鄙。耿鄙帐下的司马——扶风人马腾也率兵反叛，起兵响应韩遂。一时之间，反叛之声四起，朝廷震惊且恐慌，天下一阵混乱，而在这危急时刻，朝廷到处网罗人才，曹操便是在这危急关头被召为校尉，被任命为八校尉之一的典军校尉，成为带兵的武官。
这次的任命算是如了曹操的意，他原本的理想就是成为将军，当上列侯，这下机会来了。典军校尉的任命对曹操的诱惑力实在是太大了，他很快地结束了那段隐居的生活，怀着激动的心情上京了。
这样一来，曹操的手中就有了兵权，成为了一些人羡慕和拉拢的对象。中平五年（公元188年）五月，术士襄楷对冀州刺史王芬说：“天象的变化不利于宦官，黄门、常侍真是到了灭族的时候了。”王芬信以为真，为了保障自己的利益，勾结了南阳许攸、沛国周旌等人，还笼络了一些地方豪强，以黄巾余部黑山义军攻掠郡县需要起兵镇压为借口，给灵帝上书，请求灵帝北巡河间。他想借着灵帝北巡的机会发动政变，趁机废除灵帝，诛杀宦官，另立合肥侯为帝。当时，曹操手握兵权，自然也成了他们笼络的目标，他们来约见曹操，并把计划告诉了曹操。希望曹操可以给予一定的支持。可是，曹操听后冷静地分析了当时的形势和条件，认为这个计划必然会失败，于是毫不犹豫地拒绝了。
他对来者说道：“夫废立之事，天下之至不祥也。古人有权成败、计轻重而行之者，伊尹、霍光是也。伊尹怀至忠之诚，据宰臣之势，处官司之上，故进退废置，计从事立。及至霍光受托国之任，藉宗臣之位，内因太后秉政之重，外有群卿同欲之势；昌邑王即位日浅，未有贵宠，朝乏谠臣，议出密近：故计行如转圜，事成如摧朽。今诸君徒见囊者之易，未睹当今之难。诸君自度：结众连党，何若七国？合肥之贵，孰若吴、楚？而造作非常，欲望必克，不亦危乎？”
此番话大意为：废立皇帝之事，是天下最不祥的事。古人确实有成功的例子，权衡成败，计较轻重而后行事的只有伊尹和霍光。伊尹当时心怀至诚的忠心，又有宰相的权势，位列百官之上，所以计划才得以成功，废掉了皇帝。而霍光，先后受到了先帝托国的重任，又凭借皇室宗亲的地位，有太后秉政，群臣同心，而且当时昌邑王没即位太久，没有太多的亲信，这才让他方便计策的施行。而你们各位，只看见了古人成功的容易，却没想清楚当前的困难。希望各位想想，你们结众连党，与七王之乱有什么区别？合肥侯的地位，比起吴王刘濞、楚王刘戊怎么样？你们做的是非常之事，按照这样的意愿来成就大事，不是很危险吗？
这段分析冷静沉着，言之凿凿，头脑清醒，深谋远虑，从古今的形势和废除灵帝立合肥侯的主客观条件上进行分析，均认为此计划势必失败。其实，从字面意思上来看，可以看出，曹操并不反对废掉灵帝，只是觉得时机不够成熟而已。果不其然，不久之后，王芬等人的阴谋败露，王芬畏罪，弃官逃亡，在逃亡途中自杀。
在黄巾起义之后，灵帝意识到了军队的重要性，便日益留心军事。在当时起义军四起，天下大乱的情况下，决定组建西园新军，用以稳固拱卫首都。中平五年（公元188年）八月，在西园成立统帅部，这就是所谓的“西园八校尉”。宦官蹇硕是灵帝最宠信的人物，被任命为上军校尉，连大将军何进也得听他指挥，是实际上的全国最高统帅。虎贲中郎将袁绍因为是“四世三公”的后人，加上他家又曾和宦官袁赦攀过本家，被任命为中军校尉，也就是副统帅。此外，鲍鸿为下军校尉，曹操为典军校尉，赵融为助军左校尉，冯芳为助军右校尉，夏牟为左校尉，淳于琼为右校尉。前面说到了，曹操任洛阳北部尉时，曾棒杀蹇硕的叔父，而这次曹操能够打进新军并任要职，使得蹇硕被迫与这位十四年前的仇人共事，当然，除了曹操本人的胆识过人，有勇有谋，树立了良好的名声之外，他祖父和父亲所带来的影响也起到了一些作用。
此刻，曹操成为了东汉皇室的核心武装将领，对于他来说，这在仕途上又迈出了最重要的一步，在一定程度上，可以说是以退为进的策略得逞。曾经的理想变成了现实，使他的志向发生了质的变化，他开始有了匡扶天下的雄心，这也预示着曹操绝不甘心就止步于此，为他未来在政治舞台上的作为打下了基础。
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