贞观十三年（公元639年），高昌王麹文泰断绝西域与中原的商业往来，李世民很不爽，约谈高昌王，但麹文泰表示：我有病，我去不了！
李世民觉得自己的面子和自尊以及大唐利益都受到了严重伤害，于是准备进兵西域，直接介入了西域的政治、军事斗争。
当年十二月，在吐谷浑战争中表现突出的侯君集被任命为交河行军大总管，薛万均被任命为副总管，率步骑兵20万及突厥、契苾之众征讨高昌。麴文泰以为唐离高昌有7000里之遥，沙碛阔约2000里，地无水草，气候异常，唐朝不会以大兵相加。等到听说唐军已到达碛口，这位西域大王一下子惶骇无计。未见唐兵，竟活活吓死了！其子鞠智盛嗣立。
侯君集率兵进至柳谷时，探马禀报说麴文泰近日即将安葬，高昌国内人士都聚集在葬地。诸将听到这个消息，乐了，纷纷请求趁机进行突袭。侯君集不同意，说咱们天朝正义之师，怎么能趁别人举行葬礼搞突袭呢？这不是人干的事儿，不能这么干！于是擂鼓进军，进抵田地城。
高昌得知唐军到来，紧闭城门，坚守不出，侯君集下书招降，高昌守军也不回应。侯君集先礼后兵，于清晨发动进攻。在出征前，李世民深知远途作战，既无援军，又无后勤保障，所以必须速战速决，为此征集了一些善于制造攻城器械的工匠给侯君集。侯君集全都用上了，什么推撞车、抛石车等等一齐上阵，高昌人抵挡不住这些高科技武器的进攻，到了中午便攻下田地城，男女7000余人成了俘虏。
侯君集随即命中郎将辛獠儿为前锋，于当夜直趋高昌城。麴智盛率军迎战，被击败后死保都城。唐军直抵城下。麴智盛走投无路，便给侯君集写信说：“得罪大唐天子的是我爸爸，可是他已经死了啊，我才继位几天啊，不关我事，跪求放过！”侯君集答复道：“你要知道错了，就束手就擒，我保你性命无忧。”但麴智盛仍坚守不出。
侯君集怒了，命将士填堑攻城，又造高5丈可以俯瞰城内的巢车，对城内动静了如指掌。城内行人走动以及飞石所中目标，在巢车上的人都大声告知唐军，以致高昌人皆在屋中躲避飞石。在唐军猛烈的攻势之下，高昌守军既无进攻之力，也无防守之力。唯一的希望，就寄托在友军西突厥的支援了。
唐军的凌厉攻势，把西突厥人也震住了，欲谷设还没等高昌战役结束，便急急离开可汗浮图城，将守城的任务交给大将，一口气向西跑了1000里。西突厥驻扎在可汗浮图城的将军向唐军投降。
麴智盛见大势已去，被迫开门出城投降。侯君集继续分兵略地，共攻下3郡、5县、22城，得户8046，人口3.77万，马4300匹，占地东西800里，南北500里。唐在其地置西州，在可汗浮图城置庭州。二十一日，又置安西都护府于交河城，留兵镇守，而后刻石纪功而还。
侯君集入高昌时，私取宝物；将士也竞相盗窃，侯君集自身不正，不敢禁制。还朝后，被人揭发，下狱，虽得免罪，却没有奖赏，他心怀不满。后洛州都督张亮密告他煽动自己谋反，李世民认为两人对话，别无旁证，没有追究。这时，太子承乾屡有过失，魏王李泰争立，两人各自树立徒党，侯君集与承乾结纳。有人告发承乾策划政变，结果承乾被废黜，侯君集也被杀。
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