仙剑四一开头，两把剑的光芒直插云霄，然后就是无数的球飞了下来，落在地上变成咯像狐狸一样的妖怪，这些妖怪实力很强，看人就咬，突然，天空一道剑气将妖怪击中，妖怪随即消散。一个老道士，看起来就很厉害，然而对方也有高手，一个女的，两个人打得有来有回，最后老道士打败了那魔女，本以为就此结束，却不料女魔头突然出现在老道士身后，给了他一击。
然后，就是和这场战斗毫无关联的场景，青鸾峰，一个人正跪在父亲的牌位面前祈求原谅。这人正是仙剑四的主角——云天河。没有按照父亲的要求早起上香，所以在父亲云天河的排位前上了香，还绑了一只小山猪，想祈求父亲的原谅。看得出，他很害怕他父亲。
两个看似没有关联的场景，其实是有关联的，不然也不会这么安排，只是说，真相要一点一点随着剧情的发展展现出来。
云天河祈求父亲原谅的十九年前，昆仑琼华派，他母亲夙玉和玄霄是羲和剑望舒剑的剑主，昆仑琼华派尽三代之力，铸造了羲和望舒，想用两把剑束缚妖界——幻冥界，诛杀妖族然后掠夺其灵力。为什么要掠夺他们的灵力？因为想要成仙需要大量的灵力，昆仑琼华派上方就是昆仑天光，只要有足够的灵力通过昆仑天光，就能脱离肉体凡胎成神，与天地同寿。
但是为什么夙玉的儿子会在青鸾峰？因为再与妖族的交战中，夙玉和云天青觉得幻冥界的妖族并无过错，而门派中的人太过残忍，连小妖怪都杀，于是两人就找到玄霄，只要玄霄和夙玉放弃，双剑不再束缚妖界，妖界就能离开，双方就能停止杀戮，但是玄霄不肯。无奈之下，两人只能拿着望舒剑趁机外逃，羲和望舒一阳一阴本就扶持，没有了望舒阴的支持，玄霄当即被羲和阳炎侵蚀。不仅如此，妖界失去了束缚，当即离开，而琼华派的飞升大计也就此作废。
云天河本来在给父亲赔罪，但是突然听到了山猪的声音，出门一看，就看到一只大山猪进了父亲的墓室石沉溪洞，他当即跟着进去。但是没想到，遇到了前来盗墓的韩菱纱，云天河父亲是剑仙，在墓里设置了机关，韩菱纱打开了机关，被云天河发现的时候，云天河以为她是山猪，于是用望舒剑当箭射了过去，韩菱纱连忙避开，但是还是碰到了望舒剑，本来已经沉寂的望舒剑因为碰到了午夜子时出生的韩菱纱而再次激活。就此，命运的齿轮开始运转。
云天青不仅在墓里设置了机关，还设置了符灵，两人打不过，云天河拿出望舒剑想再射，但是符灵见到望舒，当即认为是主人，退了回去。
两人在进入云天河父母的墓室，韩菱纱偷偷拿了墓里的玉佩和手记，云天河只看到她拿了玉佩，让她还了回来，手记就一直在韩菱纱手里。这本手记是昆仑琼华派铸剑大师宗炼的手记，用特殊的文字写的，所以韩菱纱看不懂，但也没扔，后来交给了慕容紫英。
两人进入墓室后云天河手中的望舒剑突然发光，他轻轻一挥，强大的剑气就把整座墓室给毁了。云天河一方面害怕被父亲的鬼魂责骂，一方面韩菱纱也说下山能想办法了解云天河父母的往事儿。云天河这就随着韩菱纱下了山，两人很快来到山下的太平村。云天河因为一直在山上，什么也不懂，吃了别人的东西不知道要给钱，于是那人找人来揍他，但是哪里能打得过？韩菱纱知道后给钱对方也不愿意原谅，见到村长后，村长问是否和云天青有关系，云天河如实说，对方却带着村里的人把两人赶了出去，因为云天青年轻的时候在村子里做了很多让他们没法原谅的事儿。
两人来到巢湖边，云天河饭量大，把干粮都吃完了还饿，而韩菱纱根本没吃饱，于是云天河就学山猪叫，想把山猪引诱过来。但是没想到，山猪没来，妖怪来了，两人好不容易打倒了第一波妖怪，正想舒口气，又来了第二波。云天河再次把望舒剑当箭射了出去，但是剑飞到半路变成了好多光剑，把妖怪杀死了。两人这才发现是踩着剑飞在半空的人操纵的，这人就是慕容紫英，他救了韩菱纱两人。慕容紫英把剑还给了云天河，然后一声不吭地飞走了。韩菱纱眼神犀利，发现紫英背上的图案和玉佩上的图案很相似，把这事儿告诉了云天河，于是两人就想问问那个人，但是那人飞走了，追不上。就在此时，又来了两个人，怀朔和璇玑，两人也是昆仑琼华派的人，交谈之中得知他们是昆仑琼华派的人，只是因为之前和妖物战斗的时候被施加了咒术，所以没法御剑飞行，他们此行是要去陈州。韩菱纱正准备提拜入门派的事儿，两人却朝着紫英离开的方向跑去。
两人商议之后决定也去陈州，途径寿阳县的时候，捕快抓了韩菱纱，因为她涉嫌盗墓。而捕快裴剑觉得云天河很像云天青，于是就问他的名字，然后又问云天青和他是什么关系，云天河如实说了，裴剑才说云天青是县令的好朋友，邀请他到县令府上做客。
云天河去了，寿阳县令告知云天河当年和云天青相识的事儿，原来云天青当年从土匪手里救下了县令。十九年前，云天青突然抱了一个婴儿找到他，希望他能帮忙抚养长大，这个婴儿就是主角团之一的柳梦璃。县令希望云天河能和柳梦璃成亲，但是云天此时根本不知道什么是成亲，然后又喝醉了，所以此事只能到此为止。
半夜，韩菱纱逃出监狱来到县令府找云天河，结果被柳梦璃发现，柳梦璃便在府内施展了迷阵，最后云天河两人找到柳梦璃，后来县令也来了，几人商议，三人一起前往女萝岩调查妖怪伤人的事儿。
三人来到女萝岩，发现了一大堆妖怪的尸体原来是有人先行了一步。继续往里走，遇到了一群小妖怪，原来妖怪伤人也不是有意，只是因为人类采集香料过度，香料又是他们的粮食，没了粮食，他们才伤人的。知道了缘由，柳梦璃决定告知父亲，让人们采集的时候留有余地。几人出了女萝岩，又遇到璇玑和怀朔，原来杀妖的就是慕容紫英，云天河骗他们说妖怪已经没了，两人听了决定离开，韩菱纱还没来得及说入门的事儿，两人就御剑飞行走了。
三人回到寿阳，告知了一切，然后柳梦璃决定和两人一起前往陈州，为了早点到陈州，韩菱纱带他们走了淮南王陵墓，之前所有人都认为淮南王是成仙了，却不料，三人进了淮南王墓才知道，淮南王被骗，被封在了一个瓶子里。三人打败了淮南王墓，顺利到达了陈州，到了陈州，又遇到了琴姬。知道了琴姬的悲惨故事后，几人决定帮助她。
琴姬和她丈夫因为音乐相识成亲，但是婆婆很讨厌她，觉得她一天到晚舞刀弄枪，不像个样子。琴姬受不了了就跑了，但是丈夫因为本来身体就弱，她这一跑更不行了，没多久婆婆为了冲喜又给他说了一门亲事，但是没啥用，最后还是走了。丈夫时候骨灰放在千佛塔塔顶，不准琴姬前去祭拜，所以她希望能去给丈夫上香。
在三人的帮助下，琴姬来到了千佛塔塔顶，但是丈夫的新对象在那里守着，那女的提了个条件，准许琴姬祭拜，但是之后得离开陈州，永远不能再回来。琴姬答应了，祭拜完后几人离开，琴姬为了感谢几人弹了一首动听的曲子。
第二天一早，韩菱纱下楼就听到千佛塔塔顶那女的上吊殉情了，她还来不及悲伤就看到了璇玑和怀朔，于是立即上前说明来意，璇玑本来不愿意，她以为韩菱纱看上了紫英，但是韩菱纱解释之后就同意帮她们了。三人在怀朔和璇玑的帮助下御剑飞行来到了昆仑琼华派山脚，怀朔告知，必须通过太一仙径才有资格入门，剩下的，得靠他们自己了。
几人顺利通过太一仙径，来到山门，却被守卫驱逐，正想理论，掌门却派人前来告知，他们可以进去。来到掌门夙瑶面前，夙瑶告知他们还得通过试炼，于是施法把他们带入了试炼地，三人最后成功通过，进入了门派，夙瑶让紫英带他们，私下告知不能教他们高深的功法，紫英不解，但是夙瑶态度坚决，他也只能执行。
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