第三次北伐功败垂成，晋军大败，精锐几乎折损殆尽，令桓温颜面扫地，威望大损，这对年近花甲的桓温来说，无疑是一个沉重的打击。本来，桓温登上权力巅峰，掌控东晋军政大权之后，希冀通过发起第三次北伐，一举灭掉前燕，收复北方故土，迫使晋廷对自己加“九锡”之礼，从而效仿曹魏、西晋故事，取代晋室江山，实现自己的称帝梦。
可是，万万没有想到，此次北伐却出师不利，徒劳无功不说，反而损兵折将，一败涂地，几乎折损了晋军近一半的主力精锐。如此一来，桓温企图以北伐建功取代晋室的计划便彻底宣告破产了。
况且，北伐兵败，东晋朝廷在短期内肯定再也无力举兵北伐，与此同时，桓温年事已高，身体一天天地衰老，他已经没有时间和耐心继续耗下去了。所以，现在的桓温，对于篡夺晋室江山的想法，愈发迫切，也越来越不再掩饰自己的吞天野心。
因此，桓温决定另辟蹊径，加快夺取江山的步伐。怎么办呢？自第三次北伐惨败之后，桓温清楚地意识到，想要继续通过北伐，以达到取代晋室的做法，显然是行不通了。所以，桓温改变策略，将目标从外部转移到内部，从战场转移到朝堂。希望通过在朝堂上的杀伐决断、大权独揽，树立自己在东晋朝廷中的绝对权威，巩固自己在朝中的绝对地位，从而一步步取代晋室、篡夺晋鼎。
那么，桓温究竟会有什么计划来树立自己在朝廷中的绝对权威呢？首先，在正式将目标转移到朝中之前，桓温必须要处理好第三次北伐的善后事宜。说是善后，其实就是收缴兵权，正如第一次北伐前设计夺了殷浩的兵权、第三次北伐前夺了郗愔的兵权一样。这一次，桓温决定故技重施，再次拿一个人开刀，谁呢？豫州刺史袁真。
桓温北伐兵败，心里自然十分窝火，可是，他又不能公开承认是因为自己指挥失误而导致第三次北伐的失败。所以，桓温必须要揪出一个替罪羊，而袁真则成为了桓温案板上的鱼肉。桓温拿袁真开刀，一是为了平息众怒，桓温认为，第三次北伐之所以最终功败垂成，就是因为袁真没有及时凿开石门，致使大军水运阻塞，所以让袁真承担战败之责，理所应当；二一个则是桓温想趁机夺了袁真的兵权，这才是桓温真正的目的。
出于这种企图，第三次北伐刚刚告一段落，桓温便上书朝廷，弹劾袁真，将一切战败之责全部归咎到了袁真头上，请求朝廷严惩袁真，将他废为庶人，同时，又将冠军将军邓遐革职。可是，袁真也不是吃素的，他可不像殷浩那样任人宰割。既然桓温已经挥起了屠刀，袁真当然不会坐以待毙，干脆一不做二不休，铤而走险，造反！于是，袁真占据寿春反叛，投降前燕，并且暗中与秦、燕两国私相授受，相互勾结。
应该说，袁真完全是被桓温逼反的。可是，尽管如此，朝廷依然不能追究他的责任，毕竟，桓温已非昨日吴下阿蒙，而是执掌江左朝野军政大权的大司马、第一权臣，即使北伐失利，也无人可以撼动桓温在朝中的地位。因此，朝廷派遣侍中罗含，携带牛酒前往山阳，犒劳桓温，又下诏任命桓温的世子桓熙为征虏将军、豫州刺史、假节，之后，朝廷征发州人，修筑广陵城，让桓温移镇广陵，希望可以稳住桓温这只趴在晋廷门口的老虎，同时也希望桓温可以感念朝廷恩德，安分守己，不要有非分之想。
太和五年(370年)二月，袁真病死，其部将陈郡太守朱辅，拥立袁真之子袁瑾为建威将军、豫州刺史，与此同时，朱辅又委派其子朱乾之，前往邺城，向前燕求援，希望燕廷可以承认袁瑾的合法地位。于是，燕廷任命袁瑾为扬州刺史、朱辅为荆州刺史，不久，秦、燕两国相继出兵，救援寿春，帮助袁瑾抵抗晋廷围剿。
袁氏父子勾结秦、燕，占据寿春，拥兵作乱，这是要反抗到底，桓温自然不能姑息。所以，桓温决定以武力围剿袁瑾，夺下寿春，彻底收回豫州权柄。四月，桓温派遣督护竺瑶、矫阳之，先行率军迎战。当时，前燕援兵已至，竺瑶率军在武丘与燕军交战，结果，燕军大败而归，前燕的救援以失败告终，这是第三次北伐兵败后，东晋首次击败前燕，算是在某种程度上洗雪了北伐兵败之耻。
同年八月，桓温亲率两万大军，讨伐袁瑾，进攻寿春，准备一举攻下寿春。桓温此次进攻寿春，采用了一种围城打援的战术，一方面，桓温在城外筑起长围，将寿春城死死围住；另一方面，则布置精锐兵力，阻击前来驰援寿春的前秦军队。
太和六年(371年)，大秦天王苻坚派遣秦将王鉴、张蚝，率兵救援袁瑾，驻屯洛涧，以五千精骑次于淝水以北，数年之后，秦、晋两国的生死决战，也正是在这里打响。而桓温则命手下将领桓伊与自己的侄子南顿太守桓石虔，挥兵逆击，秦军大败。
不久，桓温攻入寿春，生擒袁瑾，之后，桓温对袁氏一党展开了残酷的清洗。他下令将袁瑾、朱辅及其宗族数十人，全部押往建康，斩首示众，袁瑾的妻女，被尽数赏赐给将士，其所侍养的数百乞活军，皆被坑杀，袁氏一族，基本被桓温清除干净。《晋书·废帝本纪》中，是这样记载桓温此次亲征寿春，剿灭袁氏一役：，
六年春正月，苻坚遣将王鉴来援袁瑾，将军桓伊逆击，大破之。丁亥，桓温克寿阳，斩袁瑾。
桓温收复寿春，彻底拔掉了袁氏父子的根基，从此，豫州全境，便完全落入桓温的控制之中。而桓温也从此死死扼住了通往京师建康的咽喉要地，若有朝一日，桓温像王敦那样意欲起兵作乱，完全可以从豫州直接攻入建康。寿春一役的胜利，是桓温对第三次北伐善后事宜的处理，之后，桓温终于可以腾出手来，将目光转移到朝堂。
寿春一役后，桓温开始在朝中一步步实施自己夺取晋室江山的计划。在桓温看来，什么培植势力，党同伐异，已经不足以彰显自己在朝中的绝对权威，不足以削弱晋室的力量。所以，桓温必须要干出一些惊世骇俗之举，因此，一个惊天阴谋，开始在桓温的脑海中酝酿：废帝！这个阴谋一旦实施，一定会震惊江左朝野，也一定会撼动东晋司马氏的命脉，而且对司马氏的打击是致命的。
其实，废黜皇帝的计划，并不是桓温的原创。众所周知，桓温心怀异志，不是一天两天的事了，根据《晋书·桓温传》的记载，“温既负其才力，久怀异志，欲先立功河朔，还受九锡”。桓温本来打算通过北伐，一劳永逸地解决问题，直接逼迫晋室禅让。不料，事与愿违，第三次北伐折戟沉沙，使得桓温威望大损，而“还受九锡”的计划，显然也已经胎死腹中，看来只有另想办法了。
所以，寿春一役后，桓温专门问计于郗超：“此足以雪枋头之耻乎？”此次收复寿春，剿灭袁氏，是否可以洗雪北伐战败之耻，郗超则认为不可。同时，他为桓温献上了一条计策，他建议桓温可以效仿伊尹、霍光，废帝以立威：
明公既居重任，天下之责将归于公矣。若不能行废立大事、为伊霍之举者，不足镇压四海，震服宇内，岂可不深思哉” (《晋书·郗超传》)
郗超的这条计策，正中桓温下怀，他其实早就有废黜皇帝的想法，郗超的一席话，不过让桓温坚定了废帝之心，桓温终于下定决心，废黜皇帝。于是，桓温便与郗超筹谋废帝。
可是，废黜皇帝非同儿戏。当时，在位的皇帝司马奕，是晋成帝司马衍的次子，晋哀帝司马丕的同母胞弟。兴宁三年(365年)，晋哀帝驾崩，由于哀帝无子，所以褚太后下诏，选定哀帝的胞弟琅琊王司马奕，继承皇位，就这样，司马奕阴差阳错地登上了大晋王朝的皇帝宝座。客观来讲，司马奕是名正言顺的一国之君，况且又无失德之处，桓温如果要废掉司马奕的帝位，并非易事。那么，桓温是如何实施自己的废帝计划呢？
太和六年(371年)十一月，桓温自广陵屯兵白石，不久带兵入朝，求见褚太后，给太后递上了一道奏疏 ，威逼褚太后，废黜皇帝司马奕，另立丞相会稽王司马昱为新君。并且，桓温还给皇帝罗织了一条带有人身攻击的罪名：
帝早有痿疾，嬖人相龙、计好、硃炅宝等，参侍内寝，二美人田氏、孟氏生三男，将建储立王，倾移皇基。
这是公然质疑皇室血统，褚太后又是什么态度呢？当时，褚太后正在佛堂内烧香拜佛，忽然，内侍来报，大司马有急事来奏。于是，褚太后便靠着窗户，审阅着桓温的那道奏疏，才看了一会儿，太后就说：“我本自疑此！”紧接着，拿起毛笔，在奏疏上批示了一行话：“未亡人不幸罹此百忧，感念存没，心焉如割。”这等于是默许了桓温行废立之举。
既然有了太后的首肯与批示，桓温就可以明目张胆地实施废帝计划。说干就干，桓温在朝堂召集百官，当众宣读太后诏令，废黜皇帝司马奕为东海王，拥立丞相会稽王司马昱为新帝。紧接着，百官进入太极前殿，桓温命督护竺瑶、散骑侍郎刘亨，收缴了天子玺绶，而废帝司马奕则身着白帢单衣，走下了西堂，乘坐牛车，出了神虎门，《资治通鉴》记载，当时“群臣拜辞，莫不歔欷”。就这样，堂堂大晋一国之君，便是以如此方式离开了皇位，成为了两晋历史上的第一位废帝。
废了皇帝，接下来就是迎立新帝。桓温率领文武百官，乘坐肩舆，前往会稽王府，迎接司马昱即位，于是，司马昱拜受天子玺绶，当天即皇帝位，改元咸安，司马昱正是东晋历史上的“晋简文帝”。至于那位废帝司马奕，跌下皇位仅仅一个月，又被桓温假借褚太后的名义，从东海王降为海西公。
我们都知道，晋朝司马氏是通过篡逆取得的天下，司马师废黜魏帝曹芳，拥立高贵乡公曹髦；司马昭公然弑杀魏帝曹髦；晋武帝司马炎后来更是逼迫魏元帝曹奂禅让。可以说，司马家是搞阴谋诡计的行家。然而，两晋立国百余年，却从未发生过权臣废立皇帝的事情，即使如王敦当年权倾天下，晋元帝皇权旁落，他也没有废黜皇帝。可是，桓温却在弹指之间，行废立之事，将一个皇帝拉下了皇位，又将一个皇帝扶上了皇位，这个举动震惊了整个江左朝野，根据《晋书·王彪之》的记载，“时废立之仪既绝于旷代，朝臣莫有识其故典者”。不过，桓温的对手——大秦天王苻坚，却认为桓温此举不过是自欺欺人：
温前败灞上，后败枋头，十五年间，再倾国师。六十岁公举如此，不能思愆免退，以谢百姓，方废君以自悦，将如四海何！谚云“怒其室而作色于父”者，其桓温之谓乎！ (《晋书·苻坚载记》)
废立皇帝，让桓温在朝中树立了绝对权威，更何况，简文帝司马昱是桓温所拥立的，实际上就是一个傀儡，自然对桓温万分敬畏与倚仗。而桓温接下来的动作，就是着手调整东晋朝政格局，换言之就是重新洗牌。只不过其手段却充斥着铁血、残酷，即清除异己、党同伐异，对东晋的宗室朝臣挥起了屠刀。那么，究竟有哪些人会成为了桓温弓矢下的猎物呢？
首先，第一个撞到桓温枪口上的人，就是当朝太宰——武陵王司马晞。武陵王司马晞何许人也？他是晋元帝司马睿的第四子，简文帝司马昱的哥哥，说起来，这位王爷，也算是东晋宗室中的老人了。史书记载，武陵王司马晞“无学术而有武干”，况且又身居太宰之职，自然被桓温所忌惮。因此，桓温便想除掉这位宗室亲王，为此，桓温还专门咨询尚书仆射王彪之的意见，王彪之却认为，此事还须慎重，他的理由是这样的：
武陵亲尊，未有显罪，不可以猜嫌之间便相废徙。公建立圣明，当崇奖王室，与伊、周同美；此大事，宜更深详。 (《资治通鉴》)
可是，桓温心意已决，只回应了一句话：“此已成事，卿勿复言！”于是，桓温上书朝廷，弹劾司马晞：
晞聚纳轻剽，息综矜忍；袁真叛逆，事相连染。顷日猜惧，将成乱阶。请复晞官，以王归籓。
不久，武陵王司马晞与其子司马综、司马口便被褫夺官职，遣返回封地。即便如此，桓温依旧不肯善罢甘休，想要斩尽杀绝。又过了不久，桓温威逼新蔡王司马晃自首，诬称自己与司马晞、司马综父子、著作郎殷涓、太宰长史庾倩、散骑常侍庾柔等人密谋叛乱。随即，朝廷下令，将其一干人众收付廷尉，桓温趁机上书，请求诛杀司马晞。
可是，简文帝却不同意杀掉两位宗室，桓温拗不过皇帝，只能退而求其次，将司马晞、司马晃废为庶人，分别流放新安、衡阳。而殷涓、庾倩、庾柔等人，就没有这么幸运了，桓温一声令下，这三人被全部族灭，殒命于权臣的屠刀之下。
在桓温杀掉的这三个人之中，其中，殷涓是殷浩之子，而此时殷浩已经去世了，庾倩、庾柔则出身于颍川庾氏一族。前文提过，颍川庾氏在晋室南渡以来一直就是高门大族，曾经涌现出了庾亮、庾翼两位朝廷重臣。而且，又因为庾氏一族与东晋皇室存在着姻亲关系，所以，庾氏六兄弟在朝中皆身居要职，比如，庾希担任北中郎将、徐兖二州刺史，庾蕴任广州刺史，并假节，庾友任东阳太守，庾倩为太宰长史，庾邈为会稽王参军，庾柔为散骑常侍。
正因如此，桓温便想借庾倩、庾柔之事，大开杀戒，彻底诛灭庾氏一族。继庾倩、庾柔被杀不久，之后，庾氏六兄弟中的庾蕴，也在广州饮鸩自尽，如此一来，庾氏一族的三位子弟，相继死于非命，不是被桓温所杀，就是被桓温间接逼死。
庾希目睹了兄弟们一个个无端惨死，开始惶惶不可终日，他明白，终有一日，自己也会成为桓温的刀下鬼，索性溜之大吉。于是，庾希便与弟弟庾邈、儿子庾攸之，一起逃至海陵陂泽。当时的青州刺史武沈，由于是庾希的表兄，所以暗中为他提供粮饷。庾友没有随他们一起逃走，加之他的儿媳桓氏，又是桓温的侄女，与桓温是姻亲关系，经过多方斡旋，才保住一条性命。
咸安二年(372年)，桓温知晓了庾希一行人的踪迹，立即派出军队，前去搜捕。事态已经发展到了剑拔弩张的地步，桓温步步紧逼，庾希决定铤而走险，和桓温对抗到底。于是，庾希便与武沈之子武遵，聚众于海边，抢夺船只，然后趁夜攻入京口，驱逐晋陵太守卞耽。之后，庾希、武遵一众，又打开监狱，释放出了数百名囚徒，并发给他们兵器，当众宣称，桓温“废帝杀王，称海西公密旨，诛除凶逆”，这是公然树起了反旗。
对于庾希的反叛行为，桓温当然不能容忍，更何况，庾希手下不过一群乌合之众，根本不足为惧！晋陵太守卞耽被赶出京口后，不甘失败，逃往了曲阿(今江苏丹阳)，又在当地征集了两千人的县兵队伍，屯兵于新城，准备随时反扑。
庾希手下的那群散兵游勇，哪里是训练有素的地方武装的对手，很快就被打得大败，只能关闭城门，婴城自守。之后，桓温又派东海太守周少孙，率军讨伐，攻克京口，生擒庾希等人。最终，庾希、庾邈及子侄五人，被全部斩于建康，武遵及其党羽，亦被尽数族诛。至此，叱咤东晋朝堂数十年的颍川庾氏家族，在桓温的铁血清洗之下，被诛灭殆尽，黯然退出了政治舞台。
自从第三次北伐之后，桓温灭袁氏、夺寿春、操纵废立，独揽大权，又在朝中推行残酷的铁血政策，大肆杀戮、贬斥东晋宗室朝臣，疯狂地剔除反对势力，使得他在朝中树立了空前的权威，史书记载：“温既仗文武之任，屡建大功，加以废立，威振内外”。可以说，此时的桓温，在朝中真的是一言九鼎，似乎他离那张九五之尊的皇帝宝座只有一步之遥。
那么，桓温真的可以高枕无忧，坐等晋室交出政权吗？不，因为有一个人的存在，自始至终，都是桓温的心腹大患，只要此人在一天，桓温想要取代晋室，便是难上加难，如鲠在喉。他就是时任侍中、吏部尚书、中护军的谢安。
谢安此时已经进入朝廷中枢，更何况，桓温清楚，谢安绝非殷浩、袁真、庾希之流，此人高深莫测，属于宗师级别的高手，必将是自己帝王之路上的最大障碍。同时，随着桓温狼子野心的逐渐显露，谢安与他之间的关系，也发生了微妙的变化。谢安明白，自己与桓温之间终有一战，不仅是为了谢氏家族，更是为了晋室江山。所以，无论于天下大义，还是于家门小义，谢安都必须要阻止桓温的篡权阴谋。
那么，谢安与桓温，究竟会上演哪些惊心动魄的高手博弈？谢安又是如何步步为营，彻底挫败了一代枭雄桓温的称帝梦，终结了他的狼子野心呢？
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