手握领土主权的明朝政府，还将澳门编入香山县府管辖，在澳门当地安排了负责治安和税收的官员，以此宣示对澳门的治理权。居住在澳门的葡萄牙人必须严格遵守明朝的种种规定，否则便会遇到麻烦。
比如：万历十一年，葡萄牙人曾一度自设官吏，此举违反了明王朝的规定。因此，总督陈瑞立刻约见了葡方负责人，责怪他们不遵守明王朝的规定，有违皇上治理澳门的本意。
葡方代表被这一番训诫吓得不轻，急忙托人带着天鹅绒、镜子等珍贵礼品去送给总督，并且重申一定服从明朝政府的命令，这才获得了内部自治的许可权。
然而，葡萄牙人费尽周折获得的自治，也仅仅是适用于处理葡国人之间的矛盾，如果涉及到中国人的事务，葡萄牙方依旧无权干预。
除了严格限制当地葡人的行为，明王朝还敢于惩治在澳门犯法的葡萄牙人。
据《广东通志》、《澳门纪略》记载，万历三十六年，有葡萄牙人触犯法律后被押送公堂问罪，时任香山知县的蔡善继便按律狠狠的打了这名犯人的板子。这名外国犯人在接受中国法律处罚时，不仅没有反抗，反而‘帖然服’——贴然服算轻的，要是敢仗着外国人身份撒泼耍横，估计打得骨断筋折都没人怜。
在大明，就要守大明的规矩，该打就打。
除了打人外，大明也常在澳门开展严打。明朝政府还曾拆毁葡萄牙人私设的炮台；还曾将葡萄牙人建的教堂改为中国的石碑，以此维护中国主权。
为了防备葡萄牙人通过澳门往内地渗透，明朝政府还专门在澳门与内陆接壤处，设置了一座莲花茎关闸。这座闸原本每月开放两次，后来改为每5日开放一次，不开放的时候便用6根封条加封，从而杜绝了葡萄牙人与当地人过多接触的潜在隐患。
明王朝这些管理葡萄牙人的举措可谓是用心良苦，然而，倘若明王朝当初不同意葡萄牙人登陆澳门，岂不是一劳永逸吗？为什么明朝政府同意葡萄牙人住在澳门呢？
这个问题就要从明朝的国策说起了。葡萄牙人最开始成为澳门‘租户’的时候，刚好是‘嘉靖大倭乱’时期。此时的明朝政府被倭寇弄得不胜其烦，因此，便想到了：借助葡萄牙人的力量以夷制夷对付倭寇。
此外，澳门的商业发展也是明朝政府不得不考虑的因素。随着明代商品市场的发展，对外贸易成为明朝财政中不可或缺的一环，而葡萄牙人高超的航海技术，无疑成为促进商贸发展的重要助力。
据史料记载，葡萄牙人租居澳门后，便以澳门为支点建立了多条国际贸易航线，做起了海上贸易中转生意。他们将明朝的生丝和丝绸等商品通过澳门销往世界各地，再带回大量的白银充实明朝的国库。
一欧洲学者的估算，在中国万历年间时，平均每年有价格四十万两白银的中国货物，会经过澳门运往印度，再转手倒卖到欧洲。运往长崎的中国货物，每年价格更高达100万两。每年从菲律宾输入澳门的银币，高达135万比索。大量的白银以澳门为媒介，汹涌输入中国。
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