两个月后，身为日本长崎、平户侨领的李旦向宋克长官请领了出航许可证后，在7月从大员启程回到平户。
但一个多月后，就在平户去世了。
李旦死后，他在台湾的产业和事业都归了郑芝龙所有，这为郑芝龙日后合并当时台湾的其他汉人武装势力，以及从大陆招收新的势力到台，创造了条件。
1626至1628年，郑芝龙以台湾魍港为基地，联合诸海盗首领，号称十八芝，劫掠福建及广东数地。至1627年已有船700艘。当时，许心素建议荷兰东印度公司联手打击郑芝龙，但东印度公司未允，郑芝龙遂打败副总兵俞咨皋，杀死对手许心素。
天启七年（1627年），明廷起用曾经担任泉州知府的蔡善继任泉州巡海道，对郑芝龙进行招安。
郑芝龙率众到了泉州，见到了蔡善继。郑芝龙之弟郑芝虎、郑芝豹在会见后，认为朝廷没有诚意。于是，鼓动郑芝龙等马上离开泉州，重新过起了海上称雄的生活。
后来，随着郑芝龙势力的大幅度发展，也对荷兰殖民者造成了很大威胁，只要荷兰船只一在中国海露面，就会被郑芝龙的海盗船截获。
为此，天启七年（1627年），驻台荷军还与郑军发生了一场海战，结果荷军败北。
同年，崇祯皇帝即位，郑芝龙自台湾率领十八芝进攻泉州，大破明朝福建舰队，燕京震动，朝廷招安海盗。
工科给事中颜继祖奏折写道：“海盗郑芝龙，生长于泉，聚徒数万，劫富施贫，民不畏官而畏盗。”
郑芝龙表示以：“剪除夷寇、剿平诸盗”为己任。
九月，就抚于福建巡抚熊文灿，率部降明，诏授海防游击，任：五虎游击将军，离开了他多年经营的海上贸易根据地——台湾，坐镇‘闽海’。
此时的郑芝龙，有部众3万余人，船只千余艘，仍率领原部，为明廷守备沿海以防海盗倭寇和荷兰人进攻；并率军讨伐其他昔日结拜兄弟等海盗力量，其中有李魁奇、钟斌……
最后，官至总兵。
不久，便返回福建泉州南安老家，成为当地首富；也是少数迎娶了日本人，却仍能正式返回中国本土的海盗。
崇祯元年（1628年），闽南又遭大旱，饥民甚众。郑芝龙在熊文灿支持下，再度招纳漳、泉灾民数万人，“人给银三两，三人给牛一头”，用海船运到台湾垦荒定居。在台湾历史上，郑芝龙是组织大规模移民的第一人。
1633年，郑芝龙于福建沿海金门海战，击溃荷兰东印度公司舰队。从此，彻底控制海路，收取各国商船舶费用，郑芝龙也因此迅速富可倾国，俨然成为：闽南的领主与海上霸主。
史载：“凡海舶不得郑氏令旗者，不能来往。每舶例入三千金，岁入千万计，以此富敌国，自筑城安平镇”；亦有“从此海氛颇息，通贩洋货，内客外商，皆用郑氏旗号，无儆无虞，商贾有二十倍之利，芝龙尽以海利交通朝贵，寖以大显”；更甚“八闽以郑氏为长城”。
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