自1603 年屠杀之后，在菲华侨人数大减，然利之所在，又有很多华商联袂来菲，至1639 年斗争前夕有华侨3 万多人。
当时，西班牙殖民者强迫华侨弃农从商，并催迫卡兰巴华侨交纳地租， 引发起义。 于是，又借口进行了第二次屠杀，致使华侨为西人所杀者不下两万余人云，财产损失达七百万比沙。
1662 年，郑成功击败荷兰后致书菲律宾总督要求纳贡和护侨， 为防止华侨作为郑成功侵略菲律宾内应， 西班牙殖民者对华侨进行第三次大屠杀。这次屠杀大约有4000名华人遇害。
经过3 次大屠杀，一些寓居马尼拉的华侨纷纷离开此是非之地，辗转移向吕宋其他地方、中部群岛和南方岛屿。
1686 年，西班牙王命令菲律宾殖民当局在6 个月内驱逐全菲华侨， 在华侨中一度引起恐慌和愤怒，丁哥等300 名华侨进行抗议，后遭到西班牙殖民者进行的第四次屠杀， 这次被屠杀的华侨有几百人。
1762 年，英国对西班牙宣战，华侨在英国占领马尼拉期间进行反西斗争， 最后遭到西班牙殖民总督安达对华侨进行的第五次大屠杀， 他下令绞死群岛各地所有华人，这项命令道1765 年仍继续执行。
这期间，全菲被杀华侨当远逾6000 之数。
1820 年，马尼拉同时流行霍乱和天花，西班牙殖民者趁机散布谣言， 把疫症的流行说成是由于外侨在河中放毒所致，以制造排外骚乱。10 月9 日和10 日两天内惨遭杀害的华侨共计85 人，财产损失无法统计。
菲律宾位于亚洲东南部，与台湾隔海相望，中菲两国人民早在唐代就有交往。宋元时代，有了贸易。华人大批定居菲律宾则是明隆庆开海贸之后。
隆庆元年（1567年），废除海禁，实行开海贸易。
华商遂开辟五条航线：第一条，太武——马尼拉线，由厦门南面对岸的太武山启航，到台湾南端的沙马奇头，再到马尼拉；
第二条，浯屿——麻里吕线；（从金门出发，到马尼拉北面的马里拉奥）
第三条，泉州——冯嘉施兰线；
第四条，泉州——杉木线（泉州出发，到乐岛的乐港。）
第五条，澳门——马尼拉。
菲律宾，本是一片荒岛。就连西班牙人也承认说：“如无华人亦无吕宋。”
但是，西班牙人更害怕：日益强大的华人经济会动摇他们在菲律宾的统治地位，于是，就发动了1603年，1639年的两次屠杀和驱逐华侨事件。
而每次事件后，菲律宾的经济就会衰落不堪，商品匮乏，食品短缺，甚至连鞋子都买不到。
正如莫牙总督在1603年屠戮华人事件后说的“战争以后，城市的种种需要又再开始，而本来从事各种贸易，和带来粮食的华人却几乎没有了！”
“以至于，货物缺乏，甚至连鞋子都没有了，就连高价也买不到日用品。”
“本地的印第安人，不再在那些贸易中做工，也已经大半忘记了：如何耕耘，饲养家禽、牲口，种植和织布。等。”
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