五年春正月丙申，刘黑闼占据洺州，并且僭越称帝，自称为汉东王。这一事件无疑是对当时统治秩序的公然挑战。到了三月丁未，秦王李世民在洺水上大破刘黑闼，成功收复之前被其攻陷的州县，刘黑闼兵败后逃亡突厥。然而，局势并未就此稳定，蔚州总管、北平王高开道叛变，入侵易州。
同年夏四月庚戌，秦王凯旋归京师，李渊亲自到长乐宫迎接慰劳，这体现出秦王战功卓著以及高祖对他的重视。但在壬申日，代州总管、定襄郡王大恩被敌人打败，战死沙场。
六月时，刘黑闼引突厥进犯山东，局势再度紧张起来。不过这期间也有积极的举措，那就是设置了谏议大夫官员。到了七月丁亥，吴王伏威前来朝拜，隋汉阳太守冯盎以南越之地来降，这使得岭表地区得以全部平定，为大唐的疆域稳定做出了贡献。
八月辛亥，朝廷将洺、荆、并、幽、交五州设为大总管府，并且改封恆山王承乾为中山王。还值得一提的是，这月隋炀帝被葬于扬州。丙辰日，突厥颉利进犯雁门，己未日又进犯朔州，于是派遣皇太子和秦王前往讨伐，大败突厥。
冬季十月癸酉，齐王元吉奉命到洺州攻打刘黑闼。当时山东的很多州县都被刘黑闼所控制，当地的人甚至杀害地方官吏来响应他，可见刘黑闼在当地还有一定的影响力。行军总管、淮阳王道玄在下博与刘黑闼作战，不幸战败身亡。十一月甲申，命皇太子率兵讨伐刘黑闼。丙申日，李渊前往宜州检阅将士。十二月丙辰，李渊到华池打猎，庚申日从宜州返回。最终皇太子在魏州打败并斩杀了刘黑闼，山东得以平定。
六年春正月，吴王杜伏威成为太子太保。二月辛亥，李渊到骊山打猎。三月乙未，前往昆明池，宴请百官。夏四月己未，旧宅改为通义宫，并且特赦京城囚犯，还摆酒设宴，赏赐随从官员数量不等的帛。癸酉日，朝廷官员任免有了调整，以尚书右仆射、魏国公裴寂为左仆射，中书令、宋国公萧瑀为右仆射，侍中、观国公杨恭仁为吏部尚书。
七月时，突厥颉利进犯朔州，朝廷派遣皇太子和秦王屯兵并州以作防备。八月壬子，东南道行台仆射辅公祏在丹阳反叛，自称为宋王，朝廷派遣赵郡王孝恭及岭南道大使、勇康县公李靖前往讨伐。丙寅日，吐谷浑归附唐朝。九月丙子，突厥退兵，皇太子班师回朝，并且将东都改为洛州。然而高开道又引突厥进犯幽州，局势依然动荡不安。县公李靖前往讨伐。丙寅日，吐谷浑归附唐朝。九月丙子，突厥退兵，皇太子班师回朝，并且将东都改为洛州。然而高开道又引突厥进犯幽州，局势依然动荡不安。
冬季十月，李渊前往华阴。十一月，到沙苑打猎。十二月乙巳，奉义监改为龙跃宫，武功宅改为庆善宫。甲寅日，高祖从华阴返回。
七年春正月己酉，封高丽王高武为辽东郡王，百济王扶余璋为带方郡王，新罗王金真平为乐浪郡王。二月，高开道被部将张金树所杀，其地归降。丁巳日，李渊亲临国子学，参加释奠仪式。并且改大总管府为大都督府。可惜的是，吴王伏威去世。三月戊寅，废除尚书省六司侍郎，提升吏部郎中秩为正四品，掌管选事。戊戌日，赵郡王孝恭大破辅公祏并将其擒获，丹阳得以平定。
夏四月庚子，大赦天下，颁布新律令。由于天下基本平定，诏书规定遭遇父母丧事者可以守满三年之丧。五月，在宜州的宜君县建造仁智宫。李世勣讨伐徐圆朗并将其平定。六月辛丑，李渊前往仁智宫。七月甲午，从仁智宫返回。巂州发生地震山崩，江水咽流。八月戊辰，突厥进犯并州，京师戒严，突厥的进犯对京师造成的巨大威胁。壬午日，突厥退兵，乙未日京师解除戒严。
冬季十月丁卯，李渊前往庆善宫。癸酉日，前往终南山，拜谒老子庙。十一月戊辰，到高陵打猎，庚午日从庆善宫返回。
八年春二月己巳，李渊亲自审录囚徒，大多予以宽宥。夏四月，在终南山建造太和宫。六月甲子，前往太和宫。突厥进犯定州，朝廷命皇太子前往幽州，秦王前往并州防御突厥。八月，并州道总管张公谨与突厥在太谷作战，结果唐军战败，中书令温彦博被突厥俘虏。九月，突厥退兵。冬十月辛巳，李渊到周氏陂打猎，并且顺便前往龙跃宫。十一月辛卯，前往宜州。庚子日，在同官县讲武。期间有封王的变更，改封蜀王元轨为吴王，汉王元庆为陈王。同时加授秦王中书令，齐王元吉侍中，天策上将府司马宇文士及权检校侍中。十二月辛酉，李渊从宜州返回。
九年春正月丙寅，命令州县修整城隍，防备突厥。尚书左仆射、魏国公裴寂成为司空。二月庚申，齐王元吉加封为司徒。戊寅日，李渊亲自祭祀社稷。三月辛卯，前往昆明池。夏五月辛巳，由于京师寺观不够清净，李渊下诏书。在诏书中提到，释迦牟尼传教以清净为本，远离尘垢，断除贪欲，目的在于弘扬佛法，开导众人，让人们种下善根。但自从像法流行后，末代逐渐衰败，出现很多不良现象。一些僧尼道士行为不端，他们有的自抬身价，有的为了逃避徭役而妄为剃度，托名出家却嗜欲无厌，在社会上如同普通百姓一样营求不息，甚至违法犯罪，这就如同杂草混入禾苗，淤泥混入清水，破坏了宗教的纯正性。同时伽蓝之地本应是清净之所，如今却多立寺舍在喧闹之处，还存在诸多弊端。老子的道教主张无为、守一，而如今很多道士也违背了宗旨。高祖想要兴隆教法，区分好坏，于是让精勤修行、守戒律的僧尼道士等居住在大寺观，给予衣食，而那些不能精进、戒行有缺的则被罢遣回家。京城只留下三所寺，两所观，天下各州各留一所。
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