在十月的时候，李世民被加号为天策上将、陕东道大行台，其地位凌驾于王公之上，邑增加了两万户，总计达到三万户。同时，他被赐予金辂一乘，衮冕之服，玉璧一双，黄金六千斤，前后部鼓吹以及九部之乐，还有班剑四十人。这些赏赐不仅是对他功绩的认可，更彰显了他在当时政权中的极高地位。
而当时海内局势渐渐趋向平定，李世民并没有满足于军事上的成就，而是开始锐意于经籍。他以独特的眼光和胸怀，开设文学馆来招揽四方的贤士。行台司勋郎中杜如晦等十八人成为了学士。李世民对待这些学士极为亲和，他常常亲自到阁下与学士们交流，与他们讨论经义，常常交流到深夜。李世民意识到在治理国家时，文化建设与军事成就同等重要。他通过建立文学馆，聚集人才，为国家的文化繁荣和长治久安奠定了坚实的基础。
然而，平静的局势下仍有波澜。不久之后，窦建德的旧将刘黑闼举兵反叛，占据了洺州。这无疑是对刚刚趋于稳定的局势的挑战。十二月，李世民亲自率领军队东讨。到了五年正月，大军进军肥乡，李世民做了两手准备，他一面坚壁清野、汇集官军预备决战，一面令人设置河堤蓄水，他又分兵断绝刘黑闼的粮道。双方相持了两个月之久。刘黑闼由于粮道被断，处境窘困而急于求战。他率领步骑共两万人，南渡洺水，对官军形成压迫之势。李世民亲自率领精骑，直击刘黑闼的马军，成功将其击破，随后乘胜追击，蹂践其步卒。这场战役可谓大获全胜，斩首万余级。
他之前派人在洺水上流修筑堰堤，让洺水变浅，从而使刘黑闼能够渡河。而等到作战的时候，又下令决堰，一时间水势大涨，深达丈余。刘黑闼的士兵战败之后，很多人赴水逃生，结果都被溺死。刘黑闼只带着二百多骑向北逃往突厥，他的部众也被全部俘虏，河北地区得以平定。
但叛乱的余波并未完全平息，当时徐圆朗在徐、兗地区拥兵自重。李世民又马不停蹄地回师讨伐，最终将其平定。至此，河、济、江、淮诸郡邑都进入了太平的状态。到了十月，李世民又被加封为左右十二卫大将军，这进一步巩固了他在军事上的领导地位。
在唐高祖李渊武德七年的秋天，突厥颉利、突利两位可汗从原州入侵，关中地区遭受了他们的侵扰。在唐初的时候，突厥的威胁是十分严重的，足以动摇一个国家的根基，有人就对李渊说：“正是因为我们的府库财宝和子女都在京师，所以突厥才会前来侵犯，抢我们的东西。如果我们烧了长安，找一个离突厥远的地方建都成，那么突厥这些胡寇自然也就抢不到啥了。”这种观点似乎有几分道理，毕竟长安的财富和人口对突厥来说是巨大的诱惑。李渊听闻此言后，便派遣中书侍郎宇文士及去探寻山南可以居住的地方，已经有了想要迁都的打算。
然而，在这个时候，萧瑀等人都觉得这种做法是不对的。可是他们虽然心中反对，却始终不敢冒劝谏。这其实也反映出当时朝堂之上一种微妙的政治氛围，臣子们对于皇帝的权威相当的敬畏，即使是关乎国家重大决策，也不敢轻易地直抒己见。
但是年轻的李世民站了出来。李世民当时说：“霍去病，他不过是汉朝的一位将帅而已，但是他尚且立志要消灭匈奴。我作为藩王，现在还让胡人的烟尘不能停息，以至于让陛下您商议想要迁都，这是我的责任啊。希望您能让我去建立一点小小的功劳，捉拿颉利可汗。如果一两年之内我不能把他擒住，到时候在迁都，我就啥也不在说了。”
李渊听了很生气，打发李世民率领三十多个人出去巡视。但李世民回来之后，还是坚决地坚持一定不能迁都。或许是李世民的执着和坚定打动了李渊，又或许是李渊自己也重新思考了迁都的利弊，最后他停止了迁都的计划。
到了武德八年，李世民被加封为中书令。
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