公元2040年，人类在地球经历了彗星群撞击后建立了末世城市。
少年穆矢恒对这个世界冷眼相看，直到有一天，他在自己家的推理书店与自己中意的一名少女鹿零不期而遇。矢恒在解救因为与发生的恐怖袭击有关联而被逮捕的零而被牵扯进城市移民的暴乱，被一个拥有神秘力量的青年救下。随后，被自称负责管理移民暴乱的神秘组织“soul”威胁而加入了他们。
从此，他的命运开始发生剧变。在经历了与【赎罪的英雄】穆林风、零、季晴川的邂逅和羁绊，在不断的见证中，最终从一个青涩的少年，成长为了坚强的、独当一面的英雄，拯救了许多重要的人，懂得了推理的意义和为之战斗的理由，找寻到了与他人之间的羁绊。