在成功拯救森林一次之后，熊大、熊二和光头强本以为可以过上平静安宁的生活。然而，一股来自未知深处的神秘力量再次扰乱了平静。

一天，森林中突然出现奇异的时空漩涡，强大的吸力将毫无防备的熊大、熊二、光头强以及一些小动物卷入其中。当他们从一阵天旋地转中清醒过来时，发现自己置身于一艘巨大的星际战舰之上。这艘战舰由一群来自遥远星系的机械族掌控，它们在宇宙间四处穿梭，收集各个星球的能量核心以维持自身种族的存续。但不知为何，它们的系统出现故障，误把森林小动物们所在的星球当成了能量源采集目标。

更糟糕的是，战舰的能量核心与小动物们森林的命运紧密相连。如果机械族获取到足够的能量，森林将会永远消失在宇宙的尘埃之中。而要阻止这一切，小动物们必须配合机械族的智慧核心——一个拥有善良自我意识的女性型机器人艾娃，在错综复杂的星际航道中寻找散落在各个星球的空间修复器。